食用菌生产一直都是作为农村脱贫致富的有效途径，也是乡村振兴的重要抓手，以家庭为单位、一家一户生产，行业相关的法律法规意识淡薄。因为食用菌列入植物新品种保护名录较晚，尽管2000年就颁布了《种子法》，大多数食用菌从业者对品种权没有概念。直到2016年一大批食用菌列入植物新品种保护名录（第十批），唤醒了人们的新品种知识产权保护意识。由于各方面原因导致食用菌种业存在种种问题。目前食用菌种质资源、科技力量、仪器设备大都集中在体制内，正如前面所述，科研院所是食用菌新品种培育的主体。《种子法》（2013版）指出：公共科研退出商业化育种，回归其基础性和公益性，种子公司是“育、繁、推”的主体。我国食用菌种业的现状与《种子法》的要求甚远，近期内企业难以成为新品种“育、繁、推”的主体。客观地说，国外品种不论是单产还是品质均超过国内品种，例如，美国Sylvan、Amycel、Lambert等双孢蘑菇菌种公司的品种适合工厂化栽培，近年来国内双孢蘑菇工厂化生产企业90%以上使用了美国菌种，2019年Sylvan公司在江苏淮安投资2亿元兴建现代化的蘑菇菌种厂，大有垄断的企图。金针菇工厂化栽培企业80%使用了日本千曲化成公司的品种，每年菌种使用费约五千万元。真姬菇、杏鲍菇使用的品种也都是源于日本。据估计，我国每年向国外进口或交付使用费累计一亿多元。
食用菌菌种是无性繁殖，只要市场上有鲜菇出售就可以通过组织分离获得菌种。因此，新品种知识产权保护只有通过法律途径才能解决。另一方面，品种维权时需要取证、委托检测、诉讼等过程，费用高、耗时长。食用菌的菌种场、菌包厂规模较小，很大一部分是家庭作坊式的生产，无力赔付侵权费用。品种维权的收效可能很低。近年来国内工厂化栽培发展迅速，目前已有十余家是上市公司，企业资产数十亿或上百亿，大多数企业没有自主知识产权的品种，他们面临品种权的严重掣肘。上海一线日向北京知识产权法院诉讼天津两家真姬菇生产企业品种侵权，2020年3月27日，北京知识产权法院判决原告胜诉，两被告停止使用侵权品种并分别赔偿原告100万元及诉讼所有费用。这一案件是中国食用菌品种维权第一案，也是企业以知识产权为竞争武器的典型案例。
我国在全面完成脱贫攻坚任务后紧接着实施乡村振兴战略，食用菌在脱贫攻坚中起了重要作用，在实施乡村振兴战略中仍然可以扮演重要角色。随着我国城乡经济发展，劳动力价格将不断上涨，大型机械装备进入食用菌生产势在必行。机械化、自动化、智能化、工厂化及专业化将改变食用菌的生产与经营方式，自动化或智能化的菌包厂、工厂化周年栽培将迅速发展，新品种的应用不再是面对千家万户的农民，而是有一定资产规模的菌种厂、菌包厂和工厂化栽培企业，产业的这种发展趋势将推动新品种的育种者与使用企业在利益共享上实现有机结合，这将促进我国食用菌新品种选育踏上良性循环的发展道路。随着菌种厂、菌包厂和工厂化栽培企业的发展壮大，食用菌新品种选育工作向企业转移是必然的发展趋势，科研院所将回归到基础性和公益性研究。这一转移过程需要一定的时间，或许是若干年，甚至十几二十年，科企结合模式和机制将在实践中逐渐完善。在育种目标上，高产、优质仍然是品种的主要技术指标，出菇整齐、产量集中在第一潮或前两潮的适合工厂化周年栽培的专用品种是一个新的育种目标，这类品种能提高复种指数，在相同固定资产投入的情况下提升产能、创造效益。此外，在菇形、色泽等方面选育有别于常规的品种，可以开发新产品。
鉴于目前我国食用菌企业近期难以成为新品种选育的主体，而国外品种入侵形势严峻，继续依靠财政立项培育新品种只是权宜之计，不符合种业良性循环发展的经济规律。如果继续依托项目开展新品种选育，“项目品种”（为项目结题而审定、认定的品种）只能将我国食用菌种业带入“表面繁荣”的局面。如何稳步把育种任务向企业转移是当前迫切需要思考的问题，也是落实《种子法》精神（企业是育种的主体、公共科研退出商业化育种，回归其基础性和公益性）所需要推出的举措。为此建议：通过财政项目引导把体制内的育种资源引入企业，同时也引导企业投入新品种研发。这种方式要求企业的体量足够强大，每年能实际投入两百万元以上。传统的新品种培育是以科研院所为主体，通过杂交、诱变、筛选，获得优良品种后完成审（认）定和品种权申请，再通过技术转让或合作开发等方式向企业转移。种质资源是育种的基础，没有丰富的种质资源、没有对种质资源进行科学的评价，育种工作是“无米之炊”。种质资源的收集、保藏及评价，是一项基础性研究，难以获得短期效益。建议各级政府加强此类项目的立项和资助。作物可供观测的性状很多，食用菌很少，新品种的特异性鉴别非常困难。作物已经在推行《植物品种鉴定MNP标记法》（GB/T 38551 2020）作为品种特异性检测方法，这种方法具有快速、准确、稳定、可靠、费用低等特点。建议相关部门支持立项开展食用菌品种鉴定的MNP标记技术研究攻关，为食用菌品种的特异性鉴别提供快速、准确的方法。
食用菌品种权申请，需要委托具有资质的单位做DUS测试，我国目前仅上海农业科学院质量与标准化研究所有资质承担DUS测试工作，DUS测试成为食用菌品种权申请的瓶颈。建议加快推进自主测试的开放进程，缩短品种权申请和审批时间。
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